Dannelsen af byen Tomsk begyndte tilbage i 1604 med opførelsen af en fæstning nær Tom-floden. Boris Godunov velsignede selv opførelsen af den nye by og sendte et billede af den hellige treenighed til ære for dette. Byggeriet af en ny kirke begyndte i centrum af den fremtidige by Tomsk. Og fra det øjeblik begynder byens ortodokse liv at vokse og udvikle sig. Talrige templer, kapeller og kirker bliver bygget i Tomsk.
Holy Trinity Church
I mere end 150 år har den indviede bygning af Treenighedskirken stået på Voskresenskaya-bakken. Det blev opført og oplyst i 1844.
I forrige århundredes vanskelige fyrrerne blev de bagerste kirker overført fra hånd til hånd. Først i 1939 blev der placeret en garage der, og lidt senere et bageri fra et lok alt bageri. Efter krigens afslutning, i 1945, blev templet returneret til troende, og i februar 1946 blev kirken genindviet. Restaureringsarbejdet i Treenighedskirken i Tomsk blev udført på bekostning af sognebørn. Kirken fungerer den dag i dag, den fungererSøndagsskole og bibliotek.
Resurrection Church
Blandt kirkerne i Tomsk er dette en af de ældste. Det er praktisk t alt på samme alder som byen. Oprindeligt blev der bygget en trækirke på klosterets område i 1644. I 1789 blev grunden lagt til en ny kirke i to etager. Efter at byggeriet af den nye bygning var afsluttet, blev den gamle trækirke brændt og spredt for vinden, efter ortodokse skik. Som mange kirker i Tomsk blev templet i anden halvdel af 30'erne af forrige århundrede lukket, og først i 1995 blev det genindviet, og ortodokse troende var i stand til at deltage i gudstjenester igen.
Znamenskaya Church
Kirken er opkaldt efter ikonet for Guds Moder "Tegnet". I starten var det et simpelt trætempel bygget i det 17. århundrede. Opførelsen af stentemplet begyndte i 1784 på bekostning af adelen af Kachalovs, efterkommere af Ivan Kachalov, som betragtes som grundlæggeren af kirken. I 1935 blev kirken ødelagt og genopbygget først i 1992 på bekostning af sognebørn.
Peter and Paul Church
På en af bakkerne, der falder ned til Ushaika-flodens flodslette, kendt af lokalbefolkningen som Mukhin Hillock, var der tidligere et kors og et kapel. Senere blev Peter og Paul-katedralen bygget på dette sted. Kirken blev indviet i 1911. I 1938 blev tjenesterne stoppet, og et destillerilager blev placeret på kirkens område. Men allerede i 1945 vendte kirken tilbage til sin sædvanlige rutine. Peter og Paul-kirken er en af de få kirker i Tomsk, der fortsatte med at modtage sognemedlemmer i perioden 50-90'erneår af det XX århundrede.
Huskirke i navnet på St. Nicholas the Wonderworker
I begyndelsen af 90'erne, på grundlag af et psykiatrisk hospital, blev en af kirkerne i byen Tomsk, opkaldt efter Skt. Nicholas Wonderworkeren, bygget og belyst. Til at begynde med blev det bygget efter et bestemt koncept, nemlig samspillet mellem Herrens åndelige kræfter og medicinens helbredende midler til at hjælpe psykisk syge. Den ideologiske side gik dog tabt i 1920, da kirken blev lukket. I slutningen af 1990'erne dukkede ideen om at åbne en kirke på hospitalet op igen. Siden 2003 er restaureringsarbejdet påbegyndt her. I øjeblikket kommer troende blandt de syge og medicinsk personale til gudstjenesten med fornøjelse.
St. Sergei af Radonezh-kirken
Dette er den yngste af kirkerne i Tomsk. Grundlæggeren af kirken er G. I. Trigorlov, direktør for svelleimprægneringsanlægget. Da han så et af kapellerne i Yaroslavl, blev han så henrykt over dets farve, at han gik i gang med at bygge den samme kirke i sin fødeby. Ifølge G. I. Trigorlovs personlige projekt blev templet bygget og indviet i 1997.
Epiphany Cathedral
Oprindeligt, i 1630, var det en lille helligtrekongerkirke. Den fik status som katedral meget senere. Trækirken led ofte af brande, men hver gang blev den restaureret. I 1777 blev det besluttet at bygge en moderne stenbygning på stedet for den gamle træbygning. I 30'erne blev templet lukket, og en skofabrik lå inden for dets mure. Bygningen blev overtaget i 1997.den russisk-ortodokse kirke og begyndte arbejdet på dens restaurering.